Forskarutbildning i bioorganisk kemi tjänar till utbildning av kemiska experter med tonvikt på strukturen och funktionerna hos små organiska molekyler i levande organismer och på möjligheten att påverka biologiska processer i dessa organismer genom inverkan av sådana molekyler. Programmet är alltså inriktat på att studera alla aspekter av organiska föreningar, vilka är oumbärliga för levande organismers struktur och funktion. Det breda spektrumet av dessa föreningar inkluderar molekyler med en byggande (primära metaboliter) funktion, signalfunktion, aktiverande eller deaktiverande funktion i relation till strategiska proteiner i de levande organismerna, och även föreningar som produceras av dessa organismer (naturprodukter, sekundära metaboliter , metaboliter av xenobiotika). Studien är baserad på strukturen och syntesen av organiska föreningar med fokus på naturprodukter, heterocykler och andra organiska föreningar, som kan modulera biologiska processer. Belysande av funktionen hos sådana föreningar som delar av biologiska strukturer samt deras inverkan på biologiska processer och möjligheten att modifiera denna påverkan genom strukturella förändringar är inte mindre viktiga. Bioorganisk kemi fungerar således som en länk mellan organisk kemi och biomedicinska discipliner och överlappar delvis med farmaceutisk och medicinsk kemi. Bioorganisk kemi är dock mer generell än de två sistnämnda programmen, som i första hand är inriktade på studier och utveckling av läkemedel, dvs. en mer begränsad undergrupp av biologiskt aktiva föreningar.

Ph.d.-studien av fältet Afrikastudier eller Latinamerikastudier syftar till att förbereda kvalificerade specialister inom områdestudier med ett primärt fokus på dessa två regioner.

Doktorsavhandling om kemi didaktik är kulmen på tre nivåer högskoleutbildning. Är en riktad jord i forskningsverksamhet inriktad på undervisning och lärande kemi, som grundar sig på att fördjupa kunskapen om kemi didaktik och från det berörda området kemi, pedagogik, psykologi, datavetenskap och andra discipliner, att lära sig metoder för vetenskapligt arbete i de nämnda områdena och kommer att bidra avsevärt till en omfattande förbättring av arbetet med kemilärare på olika nivåer i utbildningssystemet, experter på att skapa läroplan och dess utvärdering i enlighet med aktuella vetenskapliga rön och forskning.

Den filosofiska fakulteten vid universitetet i Hradec Králové erbjuder en doktorsexamen Grad som kan bedrivas i heltidsstudie. Ph.D. Programmet är utformat för studenter som har erhållit en magisterexamen i filosofi och relaterade studiediscipliner.